软水黄连为多枝唐松草,多年生草本,高12-45cm。全株无毛。茎直立,基部以上有分枝。
叶直生;叶柄长7-9cm,基部有膜质短鞘;基生叶与茎下部叶为二至三回三出复叶;叶片长7-15cm;
小叶草质,宽卵形、近圆形或倒卵形,长0.7-2cm,宽0.5-1.5cm,先端钝有短尖,基部圆或浅心形,不明显3浅裂,边缘有疏钝齿,叶上面脉平,下面稍隆起,网脉明显;小叶柄长0.6-1.5cm。
复单歧聚伞花序圆锥状;花两性,花梗丝状,长5-10mm;萼片4,花瓣状,卵形,长约2mm,淡堇色或白色,早落;
花瓣无;雄蕊16,花丝丝状,上部比花药稍窄,花药长圆形,长约0.7mm,先端圆,无小尖头;心皮6-16,长约2mm,花柱向外弯,柱头生腹面。软水黄连的原植物形态。
软水黄连瘦果狭卵形或纺锤形,长3.5-4.5mm,无柄,有8条纵肋,宿存花柱长0.3-0.5mm,拳卷。花期4月,果期5-6月。
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